Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10201/51199

Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorMartínez Gómez, Pedro-
dc.contributor.advisorRubio Angulo, Manuel-
dc.contributor.authorOlivares Belchí, Pedro Manuel-
dc.contributor.otherEscuela Internacional de Doctoradoes_ES
dc.date.accessioned2016-11-08T09:13:51Z-
dc.date.available2016-11-08T09:13:51Z-
dc.date.created2016-11-04-
dc.date.issued2016-11-08-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10201/51199-
dc.description.abstractEl albaricoquero (Prunus armeniaca L.) es una especie diploide con un genoma de 2n=2x=16 cromosomas. Pertenece a la familia Rosaceae siendo una de las especies del género Prunus más importantes desde el punto de vista agrícola ya que representa el tercer frutal de hueso en importancia económica a nivel mundial después de melocotonero y ciruelo. Esta tesis doctoral describe la respuesta diferencial a nivel genómico, transcriptómico y hormonal frente a PPV en dos variedades de albaricoquero, ‘Rojo Pasión’ (resistente) y ‘Z506-7’ (susceptible). A partir de los resultados del análisis de variaciones de secuencia de microsatélites (Simple sequence repeat, SSRs) y variaciones de nucleótidos (SNPs) en el genoma de albaricoquero, basándonos en la secuenciación de alto rendimiento del RNA (RNA-Seq) y combinando la espectrometría de masas para el genotipado de SNPs, podemos decir que se trata de un enfoque que proporciona una alta flexibilidad, reproducibilidad y precisión en los ensayos, suponiendo una herramienta sólida para detectar diversidad de nucleótidos en regiones codificantes del genoma del Prunus. Los resultados obtenidos muestran sin lugar a dudas la gran influencia del LG 1 en la resistencia al PPV en albaricoquero. Estos datos nos ayudan a enfocar estudios dirigidos hacia zonas más concretas del genoma en la búsqueda de QTLs que controlen un mayor porcentaje de la variación del carácter, saturando otras zonas de interés fuera del PPVres y diseñando marcadores específicos que nos aporten información de la expresión fenotípica de determinados caracteres en cada uno de los descendientes de una población. Por otro lado, desde el punto de vista metodológico, el RNA-Seq se ha mostrado como una herramienta muy poderosa en el análisis de la interacción PPV/albaricoquero aunque no parece ser la herramienta definitiva para resolver los problemas de expresión base ni los determinantes genéticos. El RNA-Seq se presenta como una herramienta complementaria a los estudios genómicos con menor cantidad de datos. Las diferencias transcriptómicas a nivel de expresión de genes confirmaron que la susceptibilidad a PPV en albaricoquero es un proceso complejo basado en la batalla continua entre el virus (PPV) y la planta (Prunus armeniaca) a nivel de genes de resistencia del patógenos y a nivel de silenciamiento génico similar a la respuesta observada en melocotonero en trabajos anteriores. La resistencia a PPV en albaricoquero es también un proceso complejo que también se basa en una batalla continua entre el virus (PPV) y la planta (Prunus) donde los genes MATH (control a larga distancia de los movimientos del virus) están involucrados junto a otros genes. La respuesta de resistencia que se observa en el albaricoquero es diferente de la respuesta que se observa en ciruelos hipersensibles resistentes. Por tanto parece que si bien la susceptibilidad es un proceso similar entre especies la resistencia depende de cada especie. Finalmente, la respuesta hormonal en diferentes variedades de albaricoquero resistentes y susceptibles a PPV y en melocotonero GF305 control e inoculadas pusieron de manifiesto la importante implicación del SA y la citoquinina trans-Zeatina en la infección del virus en Prunus. Es de destacar que tras la inoculación de la variedad de albaricoque ‘Rojo Pasión’ con PPV se produce un descenso de los niveles de ABA que puede ser el responsable de favorecer la señalización de la ruta del SA. El descenso del ABA favorece favorece las condiciones oxidativas dentro de la célula lo que a su vez induce la forma monomérica del NPR1, que es capaz de ser traslocada al núcleo e indicar la señalización de las respuestas mediadas por el SA.ABSTRACT: Apricot (Prunus armeniaca L.) is a diploid specie with a genome of 2n = 2x = 16 chromosomes included inside the Rosaceae family and is one of the most important species of Prunus from an agricultural point of view. Apricot production around the globe places it as the third stone fruit in terms of worldwide economic importance after peach and plum. The objective of this thesis has been to carry out a study about Plum pox virus (PPV) resistance analysis at genomic, transcripromitc and phytohomonal level in the apricot genotypes ‘Rojo Pasión’ (resistant) and ‘Z506-7’ (susceptible). Genomic approaches are focused on improving the development and analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) via an efficient and flexible method combining high throughput sequencing (RNA-Seq) and mass spectrometry. We designed 136 SNPs from the RNA-Seq genotypes ‘Rojo Pasión’ and ‘Z506-7’ (‘Orange Red’ × ‘Currot’). We can therefore consider RNA sequencing as an efficient method for generating high quality molecular markers in apricot. These results provide accurate values for nucleotide diversity in coding sequences in apricot. Thus, the combination a highly efficient RNA-Seq approach and the SNPlex™ high-throughput genotyping technology provide a powerful and flexible tool for apricot genetic analysis. SSR and SNP analysis show without any doubt the great influence of LG 1 on PPV resistance in apricot in the PPVres region. This information allows us to focus in on more specific regions of the genome in the search for major QTLs that control a greater percentage of the variation of the trait. RNA-Seq has proven to be a very powerful tool in the analysis of the Plum pox virus (PPV, sharka disease)/Prunus interaction. This technique is an important complementary tool to other means of studying genomics. In this work an analysis of gene expression of resistance/susceptibility to PPV in apricot is performed. RNA-Seq has been applied to analyse the gene expression changes induced by PPV infection in leaves from two full-sib apricot genotypes, ‘Rojo Pasión’ and ‘Z506-7’, resistant and susceptible to PPV, respectively. Transcriptomic analyses revealed the existence of more than 2,000 genes related to the pathogen response and resistance to PPV in apricot. These results showed that the response to infection by the virus in the susceptible genotype is associated with an induction of genes involved in pathogen resistance such as the allene oxide synthase, S-adenosylmethionine synthetase 2 and the major MLP-like protein 423. Over-expression of the Dicer protein 2a may indicate the suppression of a gene silencing mechanism of the plant by PPV HCPro and P1 PPV proteins. On the other hand, there were 164 genes involved in resistance mechanisms that have been identified in apricot, 49 of which are located in the PPVres region (scaffold 1 positions from 8,050,804 to 8,244,925), which is responsible for PPV resistance in apricot. Among these genes in apricot there are several MATH domain-containing genes, although other genes inside (Pleiotropic drug resistance 9 gene) or outside (CAP, Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5 and Pathogenesis-related 1 protein; and LEA, Late embryogenesis abundant protein) PPVres region could also be involved in the resistance. Finally, the hormonal response in different apricot and peach resistant and susceptible genotypes to PPV GF305 control and inoculated highlighted the important implication of SA and cytokinin trans-Zeatin virus infection in Prunus. It is noteworthy that after inoculation of apricot variety 'Red Passion' with PPV decreased ABA levels may be responsible for promoting signalling pathway SA occurs. The decrease of ABA promotes oxidative conditions favours within the cell the monomeric form of NPR1, which is capable to induce changes signalling SA mediated responses.es_ES
dc.formatapplication/pdfes_ES
dc.format.extent176-
dc.languagespaes_ES
dc.relation.ispartofProyecto de investigación:es_ES
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses_ES
dc.subjectAlbaricoqueroses_ES
dc.subjectPlantases_ES
dc.subjectEnfermedades por viruses_ES
dc.subject.otherCDU::5 - Ciencias puras y naturales::57 - Biología::578 - Virologíaes_ES
dc.subject.otherCDU::6 - Ciencias aplicadas::63 - Agricultura. Silvicultura. Zootecnia. Caza. Pesca::634 - Horticultura. Viticulturaes_ES
dc.titleAnálisis de la expresión génica de la resistencia a plum pox virus en albaricoquero (prunus armeniaca L.)es_ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesises_ES
Appears in Collections:Ciencias

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Pedro Manuel Olivares Belchí Tesis Doctoral.pdf8,01 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons