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Title: Muestreo y análisis del transcriptoma de melón "cucumis melo L."
Issue Date: 14-Jan-2013
Date of creation: 23-Jul-2012
Related subjects: 58 - Botánica
Keywords: Melón
Abstract: El melón es uno de los cultivos más importantes del mundo. Las infecciones por virus son una de las principales causas de pérdidas en la producción, mayoritariamente las causadas por virus de RNA. El muestreo de los transcritos de RNA (transcriptoma) que se generan a partir del genoma proporciona un abordaje funcional al contenido genético de una especie. En esta Tesis se aporta un análisis de dos porciones del transcriptoma de melón: la que corresponde a transcritos que codifican proteínas mediante un microarray de DNA, y la que corresponde a pequeños RNAs no codificantes mediante secuenciación masiva. Se ha analizado el transcriptoma en respuesta a la infección por el virus del mosaico de la sandía en un genotipo de melón resistente y otro susceptible al virus. Además, se ha optimizado un método de síntesis de cDNA para hibridaciones en microarray. Se ha optado por presentar la Tesis en modo de compendio de tres publicaciones. Palabras clave: melón, genotecas, cDNA, microarray, pirosecuenciación, ESTs, pequeños RNAs, virus, transcriptómica Melon is one of the most important horticultural crops worldwide. Plant viral diseases cause serious economic losses by reducing yield and quality. Sampling of the complete set of cellular RNA transcripts (transcriptome) has been used as an effective method for dissecting genetic content of many species and for analyzing several biological processes. In this Thesis, two parts of the melon transcriptome have been analyzed: protein-coding transcripts by means of a DNA microarray, and small RNAs by means of pyrosequencing. Transcriptomic changes in response to Watermelon mosaic virus infection have been monitored in a resistant and a susceptible melon genotype. In addition, a method for cDNA synthesis for microarray hybridizations has been optimized. Results are presented as a compilation of three publications. key words: melon, cDNA libraries, cDNA, microarray, pyrosequencing, ESTs, small RNAs, virus, transcriptomic
Primary author: González Ibeas, Daniel
Director: Aranda Regules, Miguel A.
Truniger Rietman, Verónica
Faculty / Departments / Services: Departamentos y Servicios::Departamentos de la UMU::Genética y Microbiología
Published in: Proyecto de investigación:
URI: http://hdl.handle.net/10201/29596
Document type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
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