Browsing by Subject "Sistemas de Información"

Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Publication
    Open Access
    Aplicación de la bioinformática en la descripción y resolución de patologías hematológicas y mecanismos biológicos relacionados
    (Universidad de Murcia, 2025-03-25) Garrido Rodríguez, Pedro; Corral de la Calle, Javier; Escuela Internacional de Doctorado
    La alta capacidad de generación de datos ómicos en los últimos años ha forzado la implementación de sistemas de análisis automatizados que permitan la gestión e interpretación de grandes cantidades de información. Con todo, la generación de grandes cantidades de datos por cada paciente, la incorporación de diferentes ómicas y el modelado por ordenador en biomedicina hacen necesaria la presencia en los laboratorios experimentales de esta disciplina del bioinformático de cabecera, con la finalidad de poder tratar adecuadamente todo este conocimiento. El presente trabajo sirve como reflejo de estas nuevas necesidades computacionales en grupos experimentales. Concretamente, del grupo de Hematología y Oncología Clínico Experimental de la Universidad de Murcia entre los años 2020 y 2024. En esta Tesis Doctoral se recogen resultados de investigación bioinformática en el área del modelado molecular, la obtención y estudio de variantes germinales, el desarrollo de nuevos programas para el procesado de datos de secuenciación por lecturas largas y su aplicación práctica al estudio de la fisiopatología hepática. Así, se ha podido comprobar que, si bien se han producido avances de gran importancia en los últimos años en la predicción estructural de proteínas en base a su secuencia, quedan aún pendientes avances para comprender realmente los mecanismos que determinan el plegamiento de una secuencia dada, como muestran los resultados de AlphaFold para diferentes conformaciones de serpinas como la antitrombina, que en este estudio fue incapaz de mostrar ninguna estructura de esta que no fuese la nativa, a pesar de existir, incluso para la secuencia silvestre, otras posibles estructuras que AlphaFold no es capaz de considerar a día de hoy. Aunque ya se había descrito la relación entre la agenesia de vena cava y un mayor riesgo trombótico, mediante estudios de exomas se ha podido constatar cómo la agenesia de vena cava está relacionada con la aparición de trombofilias en genes de la hemostasia primaria que causarían un evento trombótico durante el desarrollo embrionario. Esta podría ser la razón de la malformación y justificaría por otro lado los eventos trombóticos que ocurren en la etapa adulta. En esta memoria se recoge igualmente el desarrollo de dos protocolos de análisis para datos de secuenciación por nanoporos, permitiendo un procesado estándar de muestras secuenciadas por esta tecnología, explotando sus capacidades (definición de grandes haplotipos, regiones repetitivas, detección de variantes estructurales), buscando minimizar sus limitaciones, mediante el uso de herramientas de amplio uso en la comunidad científica en torno a estas tecnologías, y facilitando la orquestación de los diferentes pasos en equipos de características muy variables, desde configuraciones modestas a grandes servidores de computación. Este trabajo es también el primero, hasta donde sabemos, que realiza una descripción detallada del perfil epitranscriptómico del hígado en pacientes con obesidad y distinto grado de enfermedad hepática, lo que podría ayudar a comprender nuevos aspectos sobre la evolución de las condiciones hepáticas y sobre las rutas metabólicas que puedan ser de interés desde el punto de vista diagnóstico o terapéutico. Por último, se pudo describir igualmente el proceso de diferenciación hepática desde células pluripotentes inducidas a organoides hepáticos. Se observó en la expresión diferencial la aparición en los organoides de anotaciones relacionadas con la formación de estructuras anatómicas asociadas a órganos internos, así como funciones propias del hígado. Al mismo tiempo, se arrojó algo de luz sobre el perfil y cambios epitranscriptómicos en ambos estadios, encontrando que las modificaciones m6A del ARN tendrían relación tanto con la estabilidad de los transcritos, así como parecen tener conexión con el proceso mismo de especialización celular.